虽然论文查重预防学术不端行为有很多优点，但也存在一些缺点，主要包括以下几点：

1. 歧视性

由于不同的查重系统采用的算法和收录的文献库不同，可能会导致对某些语种、领域和论文类型的不公平评价，产生歧视性。

2. 不完全可靠

查重系统的检测精度也受到目前技术的局限性和其本身的限制条件所限制，可能对精心掩盖过的抄袭和重复内容无法完全识别和发现，存在一定的不完全可靠性。

3. 虚假和误判

有些学生可能采取其他方法规避查重，如更换论文题目、修改论文的具体内容等，因此也会有虚假或误判情况出现。

4. 影响完整性和原创性

很多学生或研究人员可能会担心自己的论文在查重之后暴露，因此可能采取一些不必要的修改和削弱论文的完整性和原创性，影响学术研究的深度和广度。

5. 对隐私的侵犯

论文查重需要上传学生或研究者的论文，有可能导致他们的个人隐私泄露或受到不必要的影响。特别是在一些不安全的互联网环境中，或在一些不可信的第三方查重机构中进行查重，更容易引起隐私泄露的问题。

6. 动态调整和升级

由于查重技术的不断升级和完善，很多学生或研究者需要不断了解和适应这些技术的最新更新，才能更好地掌握和避免查重的风险和局限性。但是这也增加了学生和研究者的时间和精力成本，影响他们的正常学习和研究。

7. 需要付费

很多高质量的查重系统需要付费，特别是在一些商业化的互联网平台上，使得很多学生和研究人员需要消耗额外的财力和时间成本，影响他们的学术研究和晋升。

8. 滥用查重结果

一些领导或机构可能会滥用查重结果以打击某个学生、研究人员或研究机构，甚至用于违法行为或不正当竞争，导致查重的结果被滥用和误用，影响公正学术的发展和研究人员的声誉。

综上所述，虽然论文查重预防学术不端行为有很多优点，但仍需高度重视其局限性和不可靠性，避免对学者产生不必要的负面影响和误判。

因此，在使用论文查重技术时，需要权衡其优缺点，谨慎评估其实际影响和局限性，并加强对查重技术的学习和了解，以更好地保护学术自由和学者的权利。