参考文献是写论文时的引用的文献目录，在论文查重时是重点检测对象。由于系统自动检测无法将参考文献和其他文字进行区别，当系统检测到参考文献和正文一起进行检测时，就可能会把参考文献标红。

参考文献被标红可能有以下几种原因：

1. 系统默认将参考文献和正文一起进行查重检测。

2. 在系统默认检测时，参考文献被标红可能有以下几种原因：

（1）引用文献格式错误。文献格式错误会导致系统无法识别文献内容，从而将文献目录误判为正文而被标红。因此，在撰写论文时，一定要正确地引用文献，并严格按照论文查重网站的规定来撰写参考文献，不要用大括号进行标注。

（2）引用的内容在检测系统的参考数据中没有出现，这也会导致系统无法识别而将参考文献标红。因此，在撰写论文时，应该尽量使用最新、最可靠的文献资料，并注意文献的权威性和可信度。

（3）引用文献的字体、字号和颜色与检测系统的正文排版不符合。这种情况下，可以尝试调整引文部分的字体、字号和颜色等排版方式，以避免被误判为正文而被标红。

（4）引用文献的长度过长。系统对每个段落中的引用文献长度有一定的限制，如果引用的文献长度过长，也会被系统标红。因此，在撰写论文时，应该尽量控制每个段落中引用文献的长度。

（5）引用的文献和正文没有进行区分。有些同学在撰写论文时没有将引用的文献和正文进行区分，导致系统无法准确识别而将参考文献标红。因此，在撰写论文时，应该将引用的文献和正文进行区分，如使用不同的颜色或者字体等方式来区分不同的内容
。
综上所述，参考文献被标红的原因可能有多种，需要仔细检查并采取相应的措施进行修正。同时，在撰写论文时也需要注意正确引用文献的方法和格式，以避免出现不必要的错误而导致被标红。