论文查重系统会计算引用部分的重复率。在论文查重过程中，查重系统会对论文的引用部分进行识别和标注，通常以绿色字体显示在查重报告单中。如果引用的格式正确，引用的部分会被自动识别为引用部分，并计算在论文的总字数中。

同时，需要注意的是，不同的论文查重系统可能具有不同的算法和标准，因此对于引用部分的计算方式可能会有所不同。此外，一些查重系统可能会将引用部分标记为疑似抄袭的部分，这可能会对论文的查重结果产生影响。

因此，在撰写论文时，需要合理使用引用格式，避免被查重系统误判为抄袭。同时，切忌全文引用或引用部分过多，否则会导致论文整体质量下降。

另外，对于第一作者而言，查重时会自动识别自引部分。但是有些学校对自引率是有要求的，如果自引率达到了80%，差不多算是把以前的论文重复发表一遍了，所以这也是不行的。因此，建议在引用时不要过度引用，以避免影响论文的总重复率。