随着互联网和科技的快速发展，学术界对于论文查重的要求也越来越严格。很多学术机构和期刊都使用了自动检测系统来确保论文的原创性。那么，论文查重系统会查参考文献吗？

首先，我们需要了解论文查重系统的工作原理。这些系统使用了先进的文本比对算法来比较一篇论文与已有的文献数据库或互联网上的其他文献是否存在相似内容。其目的是为了检测文本的相似度和可能的剽窃行为。然而，是否包括参考文献的内容在内，是由具体的系统设计和配置决定的。

其次，我们来探讨一下为什么有人认为论文查重系统应该包括参考文献的内容。首先，参考文献的引用是标明学术论文来源的重要手段，并且是作者对于相关研究的致敬和认可。如果论文查重不包括参考文献的内容，就有可能导致其他学者的研究成果被错误地判定为抄袭。其次，一些学术机构和期刊对于文献引用的准确性和完整性也非常重视，因此查重系统应该检查论文中的引用和参考文献列表，以确保文献引用的准确性和规范性。

然而，另一方面，也有人对论文查重不包括参考文献的内容持不同的观点。首先，很多论文查重系统本身的设计并不包括参考文献的内容，可能是为了提高系统的效率和性能。其次，对于一些类似数据库等专门收录学术文献的机构来说，他们自身已经有了相应的检测机制，可以准确地判断文献的引用和来源。因此，论文查重系统不包括参考文献的内容并不会对最终的结果产生太大的影响。

综合以上观点，本文认为论文查重系统是否包括参考文献的内容应视具体情况而定。对于一些机构和期刊来说，他们可能更倾向于包括参考文献的内容，以确保文献引用的准确性和规范性。而对于一些查重系统本身的设计来说，他们可能更侧重于比较论文的主体部分，以提高系统的效率和性能。因此，我们应该理性对待这个问题，并根据实际情况进行具体的配置和调整。