毕业论文查重时，目录是否算重复率取决于具体的查重系统和学校规定。

一般来说，只要目录的格式设置正确，查重系统就会自动识别出目录部分，并不会将目录部分计算到重复率之中。这是因为查重系统能够自动识别出论文目录的格式，然后会筛选去除目录部分，不会算论文目录的重复率。

然而，不同学校的查重规定并不一样。有些学校可能规定论文查重时只要上传论文正文内容就可以，不用上传论文目录内容。因此，在论文完成的时候，应将目录放入论文中，以达到完整性的目的。

总的来说，如果目录格式设置正确，知网查重系统通常会自动识别并排除目录部分的重复率。但为了确保查重结果的准确性，建议在提交论文之前仔细核对格式，并遵循学校的相关规定。

在毕业论文的查重中，一般情况下目录不会被算入相似性比对的范围，也不会计入重复率中。目录主要是用于方便读者了解论文结构和内容布局，并不包含具体的文本内容。

通常，查重软件会从正文部分开始进行相似性比对，检测论文中的文本与已有的文献、网络资源等之间的相似性。目录作为论文的引导，一般不会被考虑作为查重的对象。

然而，具体的查重规则可能因学校、期刊或使用的查重软件而有所不同。因此，在提交毕业论文前，建议查看学校或教导老师的具体要求，了解有关是否需要包括目录在内的相关指导，以确保论文符合规定并准备充分。