在进行论文查重时，通常会检查以下几个部分：

1. 正文内容：查重软件会对论文的正文内容进行分析和比对，检测是否存在与其他文献或网络资源相似或重复的文本段落。

2. 引用和参考文献：查重软件会检查论文中的引用和参考文献部分，对引用的准确性和引文格式进行检查。这有助于判断是否正确引用他人的研究，并避免抄袭行为。

3. 图片、图表和数据：有些查重软件还会检测论文中使用的图片、图表和数据等外部资源是否存在侵权问题，以及对版权的合理使用。

4. 标题和摘要：查重软件可能会对论文的标题和摘要进行检查，以确定是否存在与其他文献相似的内容。

除了上述部分，还应注意到以下内容也可能被包括在查重范围内：

- 附录和补充材料：有些查重软件可能会对附录和补充材料进行检测，因此也需要确保这些部分遵循学术诚信原则。

请注意，具体查重的范围和要求可能因不同的学校、学科和期刊而有所不同。建议在进行论文工作之前，请仔细阅读学校或期刊的指导文件，了解相关的查重要求，并选择适合的查重软件来完成检测工作。