知网查重论文后会留下查重痕迹。知网查重系统具有记忆功能，每次查重都会在用户的数据中留有记录。这些记录是系统自带的功能，不能人为去掉。然而，这些记录主要是用于系统后台管理，用户可以随时在自己的账户中找到查重记录。虽然会在知网上留下痕迹，但一般在查重报告中并不会显示查重次数，而是会显示上次检测时间与重复率。除非学生大幅度修改了论文，否则知网可能不会提示该论文之前参与过查重。

另外，知网查重系统已经采取了一系列措施来保护用户的隐私和数据安全，如在论文传输过程中采用SSL加密协议来确保数据传输的安全性和保密性，以及在查重过程中并不保存论文，只产生查重报告。因此，从技术层面来说，知网查重系统并不会留下对用户有影响的痕迹。

请注意，虽然知网查重系统本身不会泄露用户信息，但用户在使用此系统时仍需遵守相关规定和准则，避免因不当操作而引起误解或风险。同时，用户应认真审核查重报告，判断检测结果的准确性和可靠性，避免被误判或诬告。