现代高校和科研机构普遍使用查重系统来评估学术论文的原创性和学术诚信。在这些论文查重系统中，正文部分的查重是其中一个重要的检测环节，但并不是唯一的查重内容。除了正文部分的查重外，查重系统还会对论文的参考文献、封面、摘要以及附录部分进行检测。

首先，正文部分的查重是查重系统中最重要的部分之一。正文部分是论文中作者真正表达研究内容和观点的部分，对于保证论文原创性和学术诚信起着至关重要的作用。查重系统通过对正文部分的文字和语句进行比对分析，检测论文中是否存在抄袭现象。

其次，查重系统也会对论文的参考文献进行查重。参考文献是论文作者引用其他学者研究成果的部分，对于学术研究来说具有重要意义。查重系统通过对论文的参考文献进行检测，可以判断作者是否正确引用了相关文献，并排除引用的文献本身存在的抄袭问题。

此外，查重系统还会对论文的封面和摘要进行查重检测。封面是论文的首要展示内容，它包含了论文的基本信息，如论文标题、作者姓名、指导教师等。查重系统通过对论文封面部分的文字进行比对分析，可以检测论文是否存在封面抄袭问题。而摘要是论文的重要组成部分，它简明扼要地概述了论文的研究目的、方法、主要发现和结论等内容。查重系统也会对论文摘要进行查重检测，以确保摘要部分的原创性和学术诚信。

最后，查重系统还会对论文的附录进行查重检测。附录是论文中的补充材料，包括了部分数据、图表、代码等内容。查重系统对附录进行查重检测，可以排除在论文的附录中引用他人研究成果而未正确引用的情况。

综上所述，论文查重检测不仅仅限于正文部分的查重，还包括了对参考文献、封面、摘要和附录等部分的查重检测。这些检测环节的目的是为了确保论文的原创性和学术诚信，促进学术界的健康发展。研究人员在写作论文时应注意文献引用的正确性和格式，避免抄袭现象的发生，以保证论文的学术价值和可信性。