知网查重时，参考文献并不算入重复率。前提是论文的参考文献格式设置正确，知网查重系统能够自动识别出来。如果格式不正确，系统可能无法自动识别，从而导致最后的查重结果不太准确。因此，对于论文作者来说，除了需要有较高的文采素质，也需要确保论文的格式正确，以便查重系统能够准确识别参考文献。

知网查重系统采用了先进的模糊算法，如果整体结构和大纲被打乱，可能会引起同一处的文章检测第一次和第二次标红不一致。在修改重复内容的时候，应尽量变换句式，不要打乱论文原来的整体大纲和结构。

此外，知网查重是按照连续出现13个字符类似就会判为重复的标准计算论文重复率。因此，学生在撰写论文时，应尽量避免抄袭他人论文中的句子或段落，以免被知网查重系统识别为重复部分并计入论文的总重复率之中。

总的来说，知网查重对于参考文献的处理是比较人性化的，只要格式设置正确，参考文献就不会被计入重复率。但是，为了确保查重结果的准确性，作者仍然需要仔细检查和调整论文的格式和内容。