论文查重系统判断重复的标准主要是基于文本匹配算法，该算法通过比较提交的论文与数据库中的内容，以确定是否存在重复或相似的内容。以下是一些常见的查重标准：

1.连续匹配的字符数量：查重系统通常会设定一个阈值，例如连续匹配的字符数量超过一定限制，如7-10个字符，就会被判定为重复。

2.匹配的百分比：查重系统会计算与数据库中内容的相似度百分比。如果相似度超过了一定的阈值，如1%，可能会被标记为重复。

3.匹配的长度和连续性：除了字符数量外，查重系统还会考虑匹配的长度和连续性。较长的连续匹配或多个短句的连续匹配可能会被视为重复。

4.引用和参考文献：查重系统通常能够识别引用和参考文献，并将其排除在查重结果之外。然而，如果引用格式不正确或引用内容被误用，仍可能被标记为重复。

5.常见短语和结构：查重系统可能会忽略一些常见的短语和结构，如常用的开头和结尾句子，以减少误报。

需要注意的是，查重系统的算法和标准可能会因不同的查重工具而有所不同，因此查重结果也可能有所差异。此外，查重系统并非完美，有时可能会出现误报或漏报的情况。因此，在使用查重系统时，仍需要进行人工审查和修改，以确保论文的原创性和质量。