毕业论文查重在检测时应该包括整篇论文的内容，而不仅限于正文部分。正文部分是论文的主要内容，但是毕业论文的查重应该包括整篇论文的各个部分，包括引言、文献综述、方法、结果与讨论、结论等。因为毕业论文的原创性要求是全面的，应当在整个论文中保持一致。

目前一些毕业论文查重系统只检测正文部分，而对于引言、结论和其他部分的查重比较薄弱，这可能会导致论文整体的原创性无法得到充分保证。毕业论文查重只检测正文部分可能会导致论文整体的原创性得不到充分保证，进而影响科研成果的真实性和学术水平。

建议毕业论文查重系统在进行查重时应该包括整篇论文的内容，而不仅限于正文部分。同时，还提出了一些具体的技术方法，来弥补目前毕业论文查重系统的不足之处，保证毕业论文的查重工作能够做到更加全面和准确。

在毕业论文查重方面，应该包括整篇论文的内容，而不仅限于正文部分，以保证论文的原创性和学术水平。以上内容对毕业论文查重的相关问题进行了详细探讨，并提出了一些建议和解决方案，希望可以对大家提高毕业论文查重工作的有效性和准确性起到一定的作用。