在论文查重时当引用文献被查重系统识别为重复内容，我们可以采取以下几种策略来处理：

首先，仔细检查引用文献的格式是否正确。确保遵循了所在学术领域或期刊的引用规范，包括各个信息的完整性和准确性。正确的引用格式有助于查重系统正确识别并排除引用部分。

如果引用的是大段文字，可以尝试将其划分为多个小段落，并在每个段落之间加入自己的分析和见解。这样不仅可以降低连续大段引用导致的重复率，还能使论文内容更加丰富和深入。

在保持原意不变的前提下，对引用内容进行适当的改写。但需要注意的是，改写后的内容必须保持与原文献的一致性，避免曲解原意。

了解查重系统对引用的阈值设置。不同系统或期刊可能对引用的重复率有不同的容忍度。如果引用的内容确实重要且无法避免重复，可以尝试与导师或期刊编辑沟通，了解他们对引用重复率的具体要求。

在论文中增加更多的原创内容，如自己的实验数据、分析结果、独到见解等。这些原创内容能够显著提升论文的学术价值和原创性，从而降低整体重复率。

最后，始终遵守学术规范和道德准则。在引用他人成果时，应注明出处并尊重原作者的权益。避免任何形式的抄袭和剽窃行为，以维护学术研究的纯净和公正。

当引用文献被查重时，可以通过审查引用格式、合理划分引用段落、改写引用内容、了解引用阈值、增加原创内容、使用查重工具检测以及遵守学术规范等方式来应对和处理。