论文查重时，论文引用部分是否会被计算查重率，主要取决于引用格式的正确性以及查重系统的具体设置和识别能力。

一方面，如果引用格式正确，且查重系统具备智能识别引用的功能，那么引用部分通常不会被计入查重率。这是因为查重系统的目的是检测论文的原创性，而引用是对他人研究成果的合理借鉴，不属于原创内容。因此，在格式正确且系统能够识别的情况下，引用部分会被排除在查重范围之外。

另一方面，如果引用格式不正确，或者查重系统无法准确识别引用部分，那么引用内容可能会被当作正文内容进行检测，从而增加论文的查重率。这种情况下，即使引用了他人的研究成果，也可能因为格式问题而被误判为抄袭。

此外，不同的查重系统对于引用的处理方式也可能存在差异。一些系统可能采用更为严格的算法，即使引用格式正确，也会对引用部分进行一定程度的检测。而另一些系统则可能更加注重引用格式的识别，只要格式正确，就不会对引用部分进行查重。

因此，在撰写论文时，为了确保引用部分不被误判为抄袭，作者需要注意以下几点：

综上所述，论文查重时引用部分是否会被计算查重率取决于多种因素，包括引用格式的正确性、查重系统的具体设置和识别能力以及作者对于引用的处理方式等。因此，在撰写论文时，作者需要认真对待引用部分，确保格式正确并适度引用他人的研究成果。